Koniec fantazjowania. Nie jesteśmy Sarmatami ani Wikingami. – Jesteśmy po prostu Europejczykami – mówi w Radiu Naukowym dr Paula Dobosz, genetyczka z MNM Diagnostics. Takie wnioski wynikają z badań, jakie firma przeprowadziła i opublikowała pod nazwą NaszeGenomy.pl.

Projekt polegał na zsekwencjonowaniu (przeanalizowaniu) ponad 1000 całych genomów Polek i Polaków. Badanie zostało zrealizowane we współpracy z Centralnym Szpitalem Klinicznym MSWiA w Warszawie. – To jeden z pierwszych takich projektów na świecie i największy do tej pory ukończony, obejmujący sekwencjonowanie całego genomu dla homogennej populacji – opowiada dr Dobosz.

Po przeanalizowaniu genomów okazało się m.in. że osoby z naszej populacji mają większe szanse (w porównaniu do populacji generalnej) na bycie blondynem/blondynką, mężczyźni z większym prawdopodobieństwem wyłysieją. Z kolei nie jest prawdą, że mamy jakieś genetyczne zdolności do przyjmowania większych ilości alkoholu.

To ciekawe wyniki otrzymane niejako przy okazji. Motywacje badania były medyczne i naukowe. – Baza powstała jako referencja do prawidłowej interpretacji wyników badań. Ma być pomocą dla klinicystów i diagnostów. Chcemy też, żeby baza służyła naukowcom do badań porównawczych – podkreśla dr Dobosz. Badacze są zachęcani do kontaktu z MNM Diagnostics w sprawie korzystania z bazy danych.

W podcaście rozmawiamy o rosnącym znaczeniu genetyki w medycynie, w farmacji. Na naszych oczach dzieje w tej sprawie prawdziwa rewolucja. Posłuchajcie koniecznie, żeby wiedzieć, co nas czeka w najbliższych latach!

Dr Paula Dobosz jest również redaktor naczelną pisma „Genetyka. Fakty i mity”, który znajdziecie na stronie genetyka.bio; śledźcie też koniecznie profil Fakty i Mity Genetyki.

Obrazek Arek Socha z Pixabay

 

TRANSKRYPCJA

 

Karolina Głowacka: Kim jesteśmy jako Polki i Polacy?

 

Paula Dobosz: Fascynująca rzecz, bo często w prasie pojawiały się jakieś dziwne rewelacje, że jesteśmy Sarmatami, Wikingami, pingwinami, kimkolwiek. [śmiech] Okazuje się, że jesteśmy po prostu Europejczykami.

 

K.G.: Wiemy to dzięki przebadaniu tysiąca genomów, czego dokonał zespół MNM Diagnostics w ramach projektu Nasze Genomy. Dowiadujemy się z niego m.in., czy mamy w kraju dużo blondynów, a także czy mężczyźni mają większą tendencję do łysienia. Ale to ciekawostki, głównie rozmawiamy o tym, jakim potężnym narzędziem w medycynie jest genetyka. Nazywam się Karolina Głowacka, to jest Radio Naukowe – podcast, który działa i rozwija się dzięki wsparciu nieocenionych patronów i patronek w serwisie Patronite. Odcinek numer pięćdziesiąt sześć. Zaczynamy.

 

K.G.: W Radiu Naukowym gości doktor Paula Dobosz, genetyczka z MNM Diagnostics, współautorka badań i pracy Nasze Genomy. Chciałam wam przede wszystkim podziękować, bo to dzięki wam rozwikłała się wielka zagadka z mojego dzieciństwa – dlaczego niektórzy tak silnie kichają na słońcu? Jest to rzecz, którą doskonale pamiętam z dzieciństwa, bo bardzo bliska mi osoba regularnie tak mocno kichała i nie wiedzieliśmy, o co chodzi, nazywaliśmy to sobie alergią na słońce. Tymczasem co to takiego?

 

P.D.: Tak, część osób to ma. Okazuje się, że jest ich więcej w krajach regionu ciepłego, tam, gdzie tego słońca jest dużo, niż w regionach, w których jest go mniej. Ta przysłowiowa alergia na słońce to jest sytuacja uwarunkowana poniekąd genetycznie, w której po raz pierwszy danego dnia wychodzimy na ostre słońce i zaczynamy bardzo mocno kichać. Jeżeli idziemy tylko jakimś polem, łąką czy chodnikiem, to pół biedy, ale proszę sobie wyobrazić, że np. wsiadamy do samochodu. Prowadzimy, to ostre słońce świeci i ktoś zaczyna kichać. 

 

K.G.: I to jest to moje wspomnienie z dzieciństwa.

 

P.D.: To może być czasami nawet niebezpieczne, mimo że pozornie wydaje się totalną błahostką. Jest wariant genetyczny, który za to odpowiada, podnosi szansę kichania na słońcu. Wydaje się, że ten wariant jest o wiele częstszy w krajach, w których słońca jest dużo, np. w krajach śródziemnomorskich czy nawet RPA. RPA jest jednym z krajów, w których jest go najwięcej. Natomiast zobaczymy, co dalej, ponieważ badania dopiero trwają. U nas jest tego trochę mniej, więc jeżeli nigdy nie spotkaliście osoby, która kicha na słońcu, to jest to całkiem prawdopodobne, bo mamy mało tego wariantu. Pewnie dlatego, że mamy mało słońca.

 

K.G.: Fascynujące. Skąd możemy wiedzieć, czy mamy dużo, czy mało tego wariantu? Możemy to wiedzieć właśnie dlatego, że Paula razem z całym zespołem MNM Diagnostics przygotowali ogromnie ważną pracę – bazę dotyczącą naszych genomów. Przebadaliście tysiąc genomów Polek i Polaków i zdaje się, że jest to pierwszy tego typu projekt w Polsce. 

 

P.D.: Zgadza się. To nie jest tylko pierwszy tego typu ukończony projekt w Polsce, ale w ogóle jeden z pierwszych tego typu projektów ukończonych na świecie. I nawet największy projekt obejmujący sekwencjonowanie całego genomu dla jednej homogennej populacji, który do tej pory został ukończony na świecie.

 

K.G.: Homogennej, czyli podobnej do siebie?

 

P.D.: Tak. Takiej, w której ludzie są do siebie podobni, pochodzą z jednej populacji, a nie z bardzo wielu. Żeby lepiej to zobrazować, możemy sobie wyobrazić populację Izraela, który jest bardzo małym krajem, ale jest tam bardzo wiele różnych populacji, wobec czego nie byłoby już tam takiej homogenności, jaka jest wśród Polaków. Nieskromnie mogę powiedzieć, że tym samym Polska stała się czołówką genomiki na świecie, więc naprawdę jest się czym chwalić. 

 

K.G.: A jak przeprowadziliście to badanie? Zdaje się, że powstało ono przy okazji innego projektu, prawda?

 

P.D.: Zgadza się. Powstało przy okazji projektów COVID-owych, ponieważ w COVID-zie razem ze Szpitalem CSK MSWiA w Warszawie zaczęliśmy tworzyć trzy ogromne, całogenomowe analizy, a część uczestników wyrażała również zgodę na wykorzystanie tych danych do innych badań naukowych. W ten sposób dane, które mamy, pochodzą z połączenia dwóch dużych baz genomowych. Jedna to zasoby MNM-u, ponieważ specjalizujemy się w badaniach całogenomowych. A druga to właśnie ci uczestnicy projektów COVID-owych, którzy wyrazili zgodę na przekazanie swoich danych do dalszych badań naukowych, czyli do wykorzystania tego w nauce. Natomiast jeżeli chodzi o liczbę tych osób, zgłosiło się ich do badań bardzo dużo, bo ponad dwa tysiące. Miejsc mieliśmy o wiele mniej, wobec czego do badań zakwalifikowało się prawie tysiąc trzystu uczestników, jednakże do tego konkretnego badania Nasze Genomy wzięliśmy trochę ponad tysiąc osób dlatego, że zależało nam na tym, żeby to były osoby niespokrewnione ze sobą. A wiadomo, że zgłaszali się często całymi rodzinami, co jest absolutnie fantastyczne i piękne, ale akurat do Naszych Genomów wybraliśmy te osoby, które były przedstawicielami swojej rodziny, czyli po jednej osobie z rodziny, żeby nie zaburzało nam to później wyników. 

 

K.G.: Stali słuchacze i słuchaczki Radia Naukowego na pewno pamiętają Adriana Lejmana z MNM Diagnostics, który opowiadał o projektach COVID-owych. Paula już mi wcześniej mówiła o tym, że najprawdopodobniej we wrześniu będzie można trochę więcej o ich wynikach powiedzieć, dlatego wrócimy do tego tematu. A teraz wracamy do tego, czego się dowiedzieliśmy o nas dzięki projektowi Nasze Genomy. Możecie sobie zajrzeć na stronę naszegenomy.pl – są tam wszystkie dane źródłowe dotyczące tego projektu. Jakbyś miała wymienić taką najważniejszą rzecz, jakiej się dowiedzieliście, to co by to było?

 

P.D.: Najfajniejsza rzecz dla mnie z tego projektu to potwierdzenie takiej oczywistości, ale pierwszy raz mamy na to dane naukowe. Okazuje się, że jesteśmy po prostu Europejczykami. Fascynująca rzecz, bo często w prasie pojawiały się jakieś dziwne rewelacje, że jesteśmy Sarmatami, Wikingami, pingwinami, kimkolwiek. [śmiech] Okazuje się, że jesteśmy po prostu Europejczykami. Jeżeli porównamy sobie dane dla naszej populacji z danymi dla innych populacji, dla których w ogóle takie dane istnieją… Bo to też jest ważna rzecz – nie dla wszystkich populacji takie dane są. Więc możemy porównać Polaków tylko z takimi populacjami, dla których tego typu badania już były wykonane. Więc porównujemy i okazuje się, że jesteśmy typową populacją środkowo-europejską. Wszystkie cechy, jakie przypisalibyśmy populacji środkowo-europejskiej, u nas pięknie występują. Tak że mamy potwierdzenie naukowe – jesteśmy w Europie.

 

K.G.: Czy to prawda, że Polacy częściej łysieją?

 

P.D.: Z łysieniem jest tak, że faktycznie mężczyźni w naszej populacji mają nieco wyższe szanse na łysienie w porównaniu z innymi populacjami. Myślę, że da się to zauważyć, nawet idąc ulicą, że jednak tych łysych mężczyzn jest u nas całkiem sporo.

 

K.G.: Nieco wyższe? Ja tutaj widzę ogromne wskaźniki. Przeczytałam na naszegenomy.pl, że dla populacji generalnej jest to aż sześćdziesiąt dwa procent, ale w polskiej populacji jest to szacowane na osiemdziesiąt procent.

 

P.D.: Ale to jest częstość alleli. Proszę pamiętać, że wszystko, co jest w ciekawostkach na stronie naszegenomy.pl, jest częstością występowania danego allelu w populacji.

 

K.G.: Allel to wersja genu?

 

P.D.: Tak, wariant genetyczny, który jest z czymś powiązany, np. właśnie z łysieniem typu męskiego. Tak że jeżeli ten allel jest częstszy, to oczywiście dana cecha też będzie częstsza, ale do tego należałoby wykonać zupełnie inne obliczenia. Czyli występowanie łysienia typu męskiego jest faktycznie u nas częstsze, natomiast nie podajemy na stronie liczby procentów, bo musielibyśmy po prostu to obliczyć.

 

K.G.: Czyli samo występowanie danego allelu jeszcze nie powoduje, że na pewno tak będzie.

 

P.D.: Dokładnie tak. Mamy informację, że tego allelu, tego wariantu genetycznego jest u nas o wiele więcej. I możemy z dużym prawdopodobieństwem wnioskować, że faktycznie tego łysienia będzie więcej. Natomiast ile dokładnie więcej? Musielibyśmy dokładnie to obliczyć.

 

K.G.: A jak to jest, jeśli chodzi o blondynki i blondynów? Bo też to badaliście. I od kiedy liczy się blondyn? Bo powiedziałabym, że ja jestem taka pośrednia.

 

P.D.: To jest fantastyczne pytanie, ponieważ zarówno za oczy, jak i włosy i kilka innych cech, o ile nie wszystkie w naszym organizmie, odpowiada więcej niż jeden gen. Tak że możemy każdy z nich po kolei sprawdzać. I takie badania faktycznie istnieją na świecie, ale możemy również sprawdzić ten, o którym wiemy, że ma największy udział w tworzeniu blond włosów. To jest dokładnie to, co my zrobiliśmy. Stąd wiemy, że największy odsetek blond włosów czy najczęstsze występowanie tego allelu jest w populacji fińskiej. U nas trochę mniejsze, ale jest to jedno z zaskoczeń, bo okazało się, że mamy tego allelu naprawdę dużo, co oznacza, że bez względu na odcień blondynów i blondynek też mamy naprawdę dużo w populacji. 

 

K.G.: A czy takie społeczne przekonanie – które chyba trochę powoli odchodzi na bok, ale jednak jeszcze jakiś czas temu funkcjonowało bardzo mocno – że Polacy, jak to się mówi, za kołnierz nie wylewają, czyli mogą sobie pozwolić na picie dużej ilości alkoholu, ma jakieś uzasadnienie w wynikach badań?

 

P.D.: Niestety muszę wszystkich zmartwić, bo nie ma. Okazuje się, że metabolizm alkoholu jest u nas po prostu na średnim poziomie, jak u większości populacji, dla których mamy dane. Wciąż jest to trochę lepszy metabolizm niż ten, który mają Azjaci, więc możemy im tylko współczuć, natomiast przekonanie, że Polacy mają mocną głowę do alkoholu z powodów genetycznych czy tego, że jesteśmy Polakami, musimy niestety odłożyć między bajki. 

 

K.G.: Przy okazji powiedzmy to wyraźnie i trochę odczarujmy to słowo – wszyscy jesteśmy mutantami.

 

P.D.: Zdecydowanie. Ponieważ mutacja to jest po prostu jakaś zmiana w naszym DNA i wszyscy mamy takie zmiany. Szacuje się, że każdy człowiek będzie miał przynajmniej kilkanaście, kilkaset tysięcy takich prywatnych wariantów. I to jest dokładnie to, co czyni nas wyjątkowymi. Ponieważ każdy z nas jest wyjątkowy, każdy z nas w jakiś sposób różni się od drugiego człowieka. I to są właśnie te nasze warianty, te mutacje, które kojarzą się raczej w społeczeństwie z czymś złym, negatywnym. Jak słyszymy słowo „mutacja”, to od razu widzimy jakieś choroby genetyczne, raka itd.

 

K.G.: Szczególnie w pandemii mamy bardzo negatywne skojarzenia z wirusem. A to się dzieje cały czas.

 

P.D.: Dokładnie. Natomiast mutacje, czyli nowe warianty powstają właściwie cały czas w każdej populacji, nie tylko u ludzi. Powstają też u roślin, u zwierząt. Jest to po prostu naturalny proces, tak się dzieje.

 

K.G.: Rozmawiamy sobie tutaj o blondzie, o łysieniu, alkoholu, kichaniu na słońcu. Jak się spodziewam, jest to jednak poboczny element waszych badań, bo są one zrobione bardzo na serio i są bardzo potrzebne. Powiedz, proszę, co może dać tego typu wiedza. Bo tysiąc genomów… Oczywiście chciałoby się mieć jeszcze większą bazę, ale to jest już niemało, jest to solidna statystyczna próba. Co nam to daje?

 

P.D.: Mamy nadzieję, że faktycznie będziemy mieć ich z czasem coraz więcej. Szpital MSWiA bardzo nas w tym wspiera i chyba jest to pierwszy szpital, który docenił wartość genomiki. Motywacją stworzenia takiej bazy wariantów były względy czysto kliniczne, medyczne, ale również naukowe. Te wszystkie blond włosy, piegi, łysienie są strasznie ciekawe i odkrywanie tego było interesującą wędrówką, ale oczywiście jest to ciągle wierzchołek góry lodowej w porównaniu z liczbą informacji, które możemy z tych danych uzyskać. Natomiast baza powstała jako referencja do prawidłowej interpretacji wyników badań. Ma być ona również pomocą dla klinicystów, diagnostów, żeby mieli jakiś punkt odniesienia. Bo mimo że jesteśmy klasyczną europejską populacją, to jednak występują u nas jakieś drobne różnice, zwłaszcza w wariantach patogennych. Taka baza wariantów może bardzo pomóc w interpretacji wyników. Chcielibyśmy również, żeby służyła ona naukowcom – nie tylko z Polski, ale również z innych krajów – do takich badań porównawczych. Czyli możemy również wykonywać badania porównawcze populacyjne, sprawdzać, czym się różni nasza populacja od innych. Możemy również wykonywać np. badania antropologiczne czy historyczne, genealogiczne, śledzić przepływ genów, która populacja z którą się mieszała, w jakim stopniu. Badania epidemiologiczne – możemy sprawdzić, jaka częstość danego allelu patogennego występuje w której populacji, co z kolei bardzo pomoże klinicystom w podejmowaniu decyzji, jeżeli wiedzą, że w danej populacji jakaś choroba genetyczna może występować o wiele częściej niż w innych. I faktycznie tak się dzieje. Następna rzecz, która mi przychodzi do głowy – farmakogenomika, czyli producent leków generalnie podaje średnią ze swoich badań – jak często i jak dużo powinniśmy podać pacjentowi danego leku. Ale może się okazać, że w danej populacji występuje np. jakiś allel, jakiś wariant genetyczny modyfikujący funkcjonowanie enzymów. Czyli dany enzym zaangażowany w metabolizm danego leku będzie działał lepiej lub gorzej. I wtedy wiemy, że powinniśmy podać danego leku np. więcej lub mniej, żeby zadziałał, żeby osiągnąć odpowiednią dawkę terapeutyczną. I tutaj właściwie dobrnęliśmy do medycyny personalizowanej. Taka baza wariantów genomowych to jest bardzo solidny start do personalizacji całej medycyny. Nie tylko genetyki klinicznej rozumianej jako genetyka chorób genetycznych, głównie u dzieci, ale też onkologia. Ponieważ każdy nowotwór jest chorobą genetyczną. Tak że zastosowań jest naprawdę nieograniczona liczba.

 

K.G.: To jest rzecz, która może być zaskakująca dla wielu osób. Jak to każdy nowotwór jest chorobą genetyczną? Słyszymy, że palenie i wiele innych rzeczy równa się nowotwór. Oczywiście są różne przyczyny, są też nowotwory odwirusowe. A ty mówisz, że każdy nowotwór jest związany z genami.

 

P.D.: Dokładnie tak. Niezależnie od czynnika, który spowoduje na samym początku te pierwsze mutacje… Bo wrócimy tutaj do mutacji, które akurat w tym kontekście będą dla nas negatywne. Czy to będzie wirus, czy to będzie zwłaszcza palenie papierosów – to wszystko sprawia, że w naszym organizmie dochodzi do powstawania mutacji. I w wyniku nagromadzenia się takich szkodliwych mutacji, szkodliwych wariantów komórki zaczną się dzielić w niekontrolowany sposób. Bo one cały czas się dzielą, powstają nowe komórki. Ale część z tych starych, które mają dużą liczbę mutacji, w naturalnych warunkach naszego organizmu umiera, żeby dawać miejsce nowym. Natomiast w momencie, kiedy powstaje guz nowotworowy, te, które powinny umrzeć, nie umierają. Wobec tego cały czas powstają nowe, jest ich za dużo, tworzy się guz. Więc znowu dochodzimy do mutacji. Czyli mutacje mogą być dla nas korzystne lub niekorzystne. Te nowotworowe będą zdecydowanie mutacjami niekorzystnymi.

 

K.G.: Wyobraźmy sobie taką sytuację, że cała populacja ma przebadane swoje genomy, mamy dobry świat, więc one są w bezpiecznej bazie danych, nikt niepożądany nie ma do nich dostępu. Wszyscy to wiemy, mamy ten zapis. Czy jesteś w stanie powiedzieć komuś np.: na pewno będzie pani miała nowotwór? Albo: na pewno będzie pan cierpiał na nowotwór? Albo: ma pani sto procent gwarancji, że wydarzy się to czy tamto? Ile widać w tych genach? Czy to jest jakiś procent ryzyka? Co to jest?

 

P.D.: Widać bardzo dużo, ale w medycynie właściwie nigdy nie mamy stu procent. Czyli nie będzie takiej sytuacji, że jakiś lekarz czy naukowiec powie nam, że na sto procent będziemy mieć nowotwór. Albo, że na sto procent będziemy mieć chore dziecko, że urodzimy je z jakimś zespołem genetycznym. W genetyce zawsze mówimy o prawdopodobieństwie. Jest takie fajne powiedzenie, że genetyka jest probabilistyczna, a nie deterministyczna, co oznacza, że będziemy poruszać się w obszarze jakiegoś prawdopodobieństwa, a nie pewności. Czyli mówimy np., że z dużym prawdopodobieństwem ktoś zachoruje na jakiś nowotwór albo że dziecko urodzi się z jakąś chorobą genetyczną. Natomiast to nigdy nie jest sto procent, a przynajmniej zgodnie ze sztuką nie powinniśmy używać słów typu „na pewno”. Dlatego, że tych wariantów jest bardzo dużo i znaczenie mają nie tylko pojedyncze geny, ale również interakcje pomiędzy nimi. Ale to też jeszcze nie wszystko, ponieważ same geny, o których mówimy, czytamy, piszemy, to jest tylko około jednego procenta naszego genomu. A co z pozostałymi dziewięćdziesięcioma dziewięcioma procentami? Tam też jest cała masa szalenie istotnych informacji, które również mogą współdziałać, współgrać czy modyfikować inne elementy genomu. Jest tam ogromna liczba interakcji, które cały czas poznajemy. Cała masa rzeczy, których wciąż nie wiemy. Dlatego na całym świecie toczą się rozmaite badania, żeby poznać ten ludzki genom jak najlepiej. 

 

K.G.: Czyli jak podkreślasz, nie mamy w medycynie stuprocentowej pewności, co pewnie wywołuje jakieś frustracje w społeczeństwie, bo można usłyszeć takie komentarze, że jak to w końcu jest? Powiedzcie nam wy, naukowcy. A wy nie możecie uczciwie powiedzieć, że coś jest na pewno. Ale powiedz, czy to nie jest trochę obciążające? Bo np. przebadam swój genom i wyjdzie mi, że mam jakieś prawdopodobieństwo zachorowania na nowotwór. Co taka wiedza może mi dać?

 

P.D.: Jest chyba tylko jedna albo kilka nielicznych sytuacji – i to nie są sytuacje genetyczne – w których mogę powiedzieć z bardzo dużym prawdopodobieństwem komuś, że będzie miał raka, że rozwinie nowotwór. I wcale nie muszę patrzeć w jego geny, żeby to wiedzieć. Prosty przykład – jeżeli spaceruję sobie latem ulicami Warszawy, to widzę, że w każdym restauracyjnym ogródku ludzie siedzą i palą. Duża część z tych ludzi gdzieś na którymś etapie swojego życia rozwinie nowotwór. Wcale nie muszę widzieć ich genów, żeby im to powiedzieć. 

Kolejna bardzo istotna rzecz jest taka, że nie ma znaczenia, czy ktoś pali całe życie dwie paczki dziennie, czy ktoś po prostu siedzi i towarzyszy osobie palącej np. dwa razy w miesiącu, ponieważ nigdy nie wiemy, jak zareaguje nasz organizm. Przyjmuje się, że już jednorazowa ekspozycja na dym papierosowy może spowodować w naszym organizmie transformację nowotworową, czyli powstanie komórek nowotworowych. Od naszego organizmu zależy, czy nasz układ immunologiczny da radę zwalczyć te komórki, czy niekoniecznie. One zostaną gdzieś w naszym organizmie i stworzą na kolejnych etapach naszego życia nowotwór. To wcale nie musi być z dnia na dzień ani z roku na rok. One mogą pozostawać dosłownie w uśpieniu przez długi czas i w odpowiednio sprzyjających warunkach np. dużego stresu, dużego zmęczenia dać początek guzom nowotworowym. 

Co może nam dać takie badanie genetyczne czy badanie całego genomu? Może nam dać informację o tym, jak często i jakie badania powinniśmy robić, jeżeli chodzi o profilaktykę. Ponieważ musimy pamiętać, że niemalże każdy nowotwór jest wyleczalny czy da się go leczyć, jeżeli jest na bardzo wczesnym stadium. Czyli im wcześniej go wykryjemy, tym większa szansa, że pozbędziemy się go i zapomnimy, że w ogóle kiedykolwiek go mieliśmy. Natomiast warunek jest taki, że faktycznie musimy go bardzo szybko wykryć i bardzo szybko podjąć działanie zmierzające do pozbycia się go. Tutaj właśnie może nam pomóc genetyka. Przykład – wyobraźmy sobie, że mamy mutację w genie, który się nazywa APC. Jego nieprawidłowe warianty całkiem często dają początek do rozwoju nowotworu jelita grubego. Jeżeli wykryję u kogoś te patogenne warianty, to jestem w stanie zalecić bardzo częste badania profilaktyczne, np. kolonoskopię. Kiedy cokolwiek nieprawidłowego będzie się działo, jest to również podpowiedź dla lekarza prowadzącego takiego pacjenta, żeby nie czekać, tylko jak najszybciej usuwać, np. polipy, które się będą tworzyły w jelicie grubym takiej osoby. 

 

K.G.: Czyli nie ma to być coś, co nas paraliżuje, tylko co motywuje i daje takie drogowskazy, na co powinniśmy szczególnie zwracać uwagę.

 

P.D.: Dokładnie tak. Klasyczny przykład – Angelina Jolie, która wykonała badania genetyczne już dawno, dawno temu. Dowiedziała się z nich, że ma bardzo duże ryzyko zachorowania na raka piersi i chyba raka jajnika i zdecydowała się na profilaktyczną mastektomię i owariektomię, czyli usunięcie obu piersi i obu jajników. 

 

K.G.: Jak się o tym mówi w środowisku? Bo pamiętam, że wywołało to wtedy ogromną burzę i kontrowersje. Pamiętam takie komentarze, że chyba przesadza. Jak się o tym myśli?

 

P.D.: Bardzo pozytywnie. Podaje się to jako przykład naprawdę dobrego, pozytywnego działania, takiej odważnej postawy przede wszystkim młodej matki i osoby świadomej. W jej przypadku rzeczywiście to ryzyko było dosyć wysokie. Ona zdecydowała się w ogóle nie podejmować tego ryzyka, ponieważ wiedziała, jak w jej rodzinie przebiegała późno wykryta choroba nowotworowa i nie życzyła sobie dla siebie takiego scenariusza. Wobec tego zdecydowała się na taki zabieg i myślę, że było to zdecydowanie z korzyścią dla niej, ponieważ w tym momencie, zważywszy na jej wiek, jest duża szansa, że już rozwinęłaby jakiś nowotwór. A nic o tym nie słyszymy, więc wydaje mi się, że to uchroniło ją przed takim losem.

 

K.G.: I to jest ten moment, w którym osoby znane są bardzo przydatne społecznie, bo jej przykład jest łatwy do przypomnienia sobie. Czyli świadomość tego, co tkwi w naszych genach, może nam pomóc. Profilaktyka może też pomóc w samym leczeniu. To wydaje mi się szczególnie fascynujące. Chciałabym jeszcze troszeczkę porozmawiać o tej farmakogenomice. Ogromnie fascynuje mnie to, że nasze organizmy reagują trochę inaczej na różne podawane nam substancje chemiczne. Wydawałoby się, że człowiek jak człowiek. A tymczasem nie. I jak rozumiem, niektóre leki lepiej na nas zadziałają, inne praktycznie w ogóle mogą na nas nie zadziałać. Więc wyobrażam sobie, że gdybyśmy mieli taką wiedzę o tym, że ta pani zareaguje lepiej na ten lek, a na ten wcale, to ile czasu i pieniędzy można by było nie marnować na leki, które nie zadziałają. Wydaje mi się, że jest to fundamentalna rzecz, szczególnie w takich chorobach, w których czas jest bezcenny. 

 

P.D.: Jest to absolutnie fascynująca sprawa i jest to dokładnie to, czym się zajmujemy na co dzień w MNM-ie. Przyznam szczerze, że mnie to niesamowicie kręci, również z naukowego punktu widzenia. Wykonując sekwencjonowanie całego genomu – absolutnie całego, nie tylko wszystkich genów, czyli tego marnego jednego procenta – jesteśmy w stanie wyczytać naprawdę ogromną liczbę informacji. Jeżeli mamy pacjenta nowotworowego, to sekwencjonowanie czy znajomość całego genomu pozwala nam prześledzić w ogóle krok po kroku wszystkie zmiany, które doprowadziły do powstania konkretnego nowotworu u tego konkretnego pacjenta. Oznacza to również, że jesteśmy w stanie namierzyć wszystkie słabe punkty tego nowotworu, a z kolei to umożliwia nam idealne dobranie terapii, która z dużym prawdopodobieństwem zadziała na ten nowotwór u tego konkretnego pacjenta. Oszczędzamy tutaj szalenie dużo czasu i pieniędzy – nie tylko pacjenta, ale również całego systemu opieki zdrowotnej. W tej chwili działa to zupełnie inaczej, nieprawidłowo. Mamy pacjentów i leczy się ich wszystkich dokładnie tym samym schematem, tymi samymi lekami w zależności od tego, gdzie ulokował się nowotwór. Mamy np. pacjentki z nowotworem jajnika i właściwie wszystkie dostają ten sam albo bardzo zbliżony schemat leczenia. Mamy pacjentów np. z nowotworem trzustki i oni również dostaną bardzo podobne zestawy. Okazuje się, że jesteśmy od siebie tak bardzo różni, że nie ma żadnej możliwości, by oczekiwać, żeby takie leczenie u wszystkich jednakowo zadziałało.

 

K.G.: To Ministerstwo Zdrowia nie powinno robić nic innego oprócz zajmowania się tym, żeby były zestawy naszych genów, naszego genomu i żeby można było spowodować, żeby te terapie były skuteczne. Bo raz, że może to ratować życie, a dwa – powiem brutalnie, z perspektywy ogólnopaństwowej, ekonomicznej – w efekcie będzie to bardziej opłacalne. Tylko rozumiem, że trzeba by podjąć dużo wysiłków organizacyjnych. 

 

P.D.: Jak najbardziej. Ktoś musi być pierwszym, który to wprowadzi i pokaże, że faktycznie to nie tylko działa, nie tylko ratujemy życie pacjentów, ale też bardzo dużo oszczędzamy. Nie tylko na samych lekach czy na dniach hospitalizacji – bo każdy dzień leczenia pacjenta onkologicznego czy w ogóle jego pobytu w szpitalu to też są ogromne koszty – ale również na dniach życia. Ponieważ istnieją w ekonomii takie wyznaczniki, które – bardzo brutalnie i przyziemnie – ale przeliczają nasze dni życia, również dni pracy zawodowej na zysk państwa. Czyli państwo również bardzo dużo zyskałoby na tym, że młodzi ludzie będą pracować, a nie leżeć w szpitalu czy umierać np. w wieku czterdziestu lat.

 

K.G.: I taka farmakogenomika jest gdzieś stosowana?

 

P.D.: Tak, są pierwsze próby wprowadzenia czegoś takiego w Stanach, w Anglii, ale również u nas. Niestety ciągle prywatnie, ale pacjenci w Polsce mają taką możliwość. Mogą prywatnie wykonać diagnostykę całogenomową i starać się, żeby leczenie było dobrane do tego, co uda się wyczytać z ich genów. Tak że jak najbardziej coś takiego jest możliwe. Jest cała masa naprawdę skutecznych leków, terapii celowanych, które odpowiednio dobrane do odpowiedniego guza i odpowiedniego pacjenta są naprawdę bardzo, bardzo skuteczne. 

 

K.G.: A jednocześnie to pokazuje, jak bardzo chorowanie na nowotwór jest trochę klasowe i związane z terenem, na którym mieszkamy. Pamiętam, że Fundacja Alivia – fundacja onkologiczna młodych osób – pokazywała takie mapy, że w zależności od tego, gdzie się mieszka, jak daleko od danego ośrodka, mówiąc brutalnie, jakie ma się szanse na przeżycie. Mam nadzieję, że państwo polskie się porządnie weźmie za tę sprawę, bo jest to niezwykle ważna rzecz. Ale zostawiając te sprawy trochę polityczne czy społeczne, chciałabym wrócić do spraw czysto naukowych i zapytać, jak się w ogóle robi taki projekt jak Nasze Genomy. Ile to jest pracy, jak to działa? Czy to jest tak, że huczały wam komputery w biurze przez kilka tygodni, czy siedzieliście nad probówkami w laboratorium? Jak to się robi?

 

P.D.: Wszystkie podpowiedzi, które wymieniłaś, są prawidłowe, ponieważ taki projekt ma bardzo wiele etapów. Pierwszy etap to była po części zasługa szpitala – kiedy pytali pacjentów, czy nie mieliby ochoty wziąć udziału w projekcie COVID-owym, pytali także, czy nie mieliby ochoty przekazać genomu do innych badań naukowych, czyli po prostu przekazać swój genom nauce. Druga część pacjentów to byli pacjenci rekrutowani przez specjalną stronę internetową. Można było się tam zgłosić do projektu. Oczywiście nie wszyscy mogli wziąć w nim udział, ponieważ musieli spełniać odpowiednie kryteria. Nie było kryterium wieku, co jest rzadkością w badaniach naukowych, ponieważ tutaj chcieliśmy mieć pełny przekrój społeczeństwa, i możliwie z różnych regionów Polski. Natomiast trzeba było być relatywnie zdrowym. Czyli wszelkie osoby z chorobą nowotworową czy jakąkolwiek chorobą genetyczną były wykluczane z badania. Wykluczane były również osoby ze sobą spokrewnione – czyli maksymalnie po jednym przedstawicielu z danej rodziny. Mamy pierwszy etap, rekrutujemy pacjentów. Od każdego pobieramy niewielką ilość krwi, dwa do czterech mililitrów. Następnie taka krew leci do laboratorium, gdzie w odpowiednich warunkach i bardzo sterylnym środowisku jest izolowane całe DNA z krwi. Następnie jest ono sekwencjonowane, sekwencjonowany jest cały genom, co oczywiście długo trwa. To sekwencjonowanie wbrew pozorom jest w tej chwili całkiem proste i relatywnie niedużo kosztuje. Natomiast musimy mieć świadomość, że to jest dopiero pierwszy etap całego badania. Kiedy mamy sekwencjonowane DNA, mamy ogromną liczbę danych, to już są dane na komputerze czy na dysku.

 

K.G.: Jeszcze zanim opowiesz o tym komputerze, to powiedz, proszę, co to w ogóle znaczy sekwencjonować. Kto to robi, jakie są techniki?

 

P.D.: Robią to maszyny, sekwaratory. Sekwencjonowanie DNA możemy sobie wyobrazić jako odczytanie sekwencji całego DNA, które znajduje się w komórce człowieka. Czyli literka po literce, nukleotyd po nukleotydzie czytamy całą sekwencję. Jest to naprawdę duża liczba informacji. Mamy zsekwencjonowane DNA, lądujemy z dużą liczbą danych. Teraz potrzebujemy bioinformatyków, którzy zajmą się tymi danymi, czyli będą je obrabiać, przekształcać, analizować, aż doprowadzą je do postaci, w której kolejna grupa specjalistów, czyli analityków genomowych, będzie mogła przystąpić do pracy. To jest najciekawsza i najtrudniejsza część całej zabawy, ponieważ analitycy genomowi próbują uzyskać z tych danych jak najwięcej informacji. Najczęściej wygląda to tak, że zadajemy jakieś konkretne pytanie, np.: jak wiele w naszej populacji jest allelu odpowiedzialnego za blond włosy? I analitycy siedzą, i analizują wszystkie warianty, wszystkie geny odpowiedzialne za powstawanie koloru blond. I na końcu mają odpowiedź albo nie, ponieważ genetyka jest bardzo skomplikowana i czasami zadamy pytanie, na które ciężko znaleźć odpowiedź. Więc potrzebne są kolejne badania naukowe.

 

K.G.: A ten proces wymaga dużych mocy obliczeniowych komputerów?

 

P.D.: Zdecydowanie tak. Jeden genom, przygotowany już przez bioinformatyków, jesteśmy w stanie przejrzeć na swoim domowym laptopie. Ale podkreślam, że taki już naprawdę przeprocesowany przez bioinformatyków. Natomiast w badaniach – czyli tak jak teraz rozmawiamy o bazie wariantów w naszych genomach – to są ogromne liczby danych. Tysiąc genomów – to potrzebuje specjalnych superkomputerów, specjalnych serwerów obliczeniowych. Ciekawostka – te serwery też muszą stać w odpowiednich warunkach. Nie może tam być za ciepło, ponieważ one strasznie grzeją. Nie polecam siedzenia w pobliżu takiego superkomputera czy takich serwerów. Tego typu analizy często trwają bardzo długo. Czyli to nie jest tak, że sobie coś klikniemy, napiszemy w Wordzie dokument, który zaraz można wysłać mailem. Nie ma takiej możliwości. Zadajemy komputerowi jakąś analizę do wykonania i często trwa to całe dni, nawet tygodnie, zanim to się przemieli i wróci do nas z odpowiedzią czy z nową porcją danych. Tak że to wszystko jest bardzo skomplikowane i sama ta analiza i obróbka naprawdę długo trwa.

 

K.G.: Macie plany, żeby kontynuować projekt?

 

P.D.: Z całą pewnością. Mamy teraz taki żart w firmie, że dziesięć tysięcy to może do grudnia. Ale to oczywiście jest nierealne. [śmiech] Niemniej przy okazji całej masy innych projektów, które planujemy zrobić, z całą pewnością będziemy rozbudowywać bazę. Tak że na pewno tych genomów będzie coraz więcej. Ale w tym miejscu mogę zaprosić do udziału w projekcie wszystkich zainteresowanych naukowców, ponieważ baza danych jest otwarta dla nauki, co oznacza, że każda osoba, każdy naukowiec – nie tylko z Polski, ale z całego świata – może się do nas zgłosić przez formularz na stronie i poprosić o dostęp do bazy. Wszyscy naukowcy, którzy planują wykonanie lub teraz wykonują jakieś badanie naukowe, którym taka baza by się przydała, dostają od nas do niej dostęp. I jest to zupełnie nieodpłatne, po prostu dla dobra nauki.

 

K.G.: Czyli zachęcamy naukowców do kontaktu. A mnie bardzo interesuje, czy można się zgłosić wolontaryjnie i oddać do dyspozycji własny genom?

 

P.D.: Z całą pewnością będzie taka możliwość. Za każdym razem, kiedy otwieramy nowy nabór, nowy projekt, wrzucamy informacje na ten temat na stronę i wszystkie social media MNM-u. Często tworzymy też dedykowaną stronę internetową do danego projektu. Tak że zachęcam do śledzenia naszych kanałów social mediowych, na pewno takie informacje się pojawią.

 

K.G.: Tylko rozumiem, że będzie to dla dobra nauki? To nie jest tak, że dostanę informację o swoim genomie? Czy tak będzie? Jak to działa?

 

P.D.: Niestety nie. W tym momencie nie ma takiej możliwości w badaniach naukowych, ponieważ dla dobra samych pacjentów czy uczestników projektu te dane są analizowane zbiorczo. Czyli my je wszystkie analizujemy łącznie, a nie każdego pacjenta osobno właśnie dlatego, żeby nie była możliwa identyfikacja każdej osoby. Wszyscy ludzie pracujący w genetyce, których znam, chcą dobrze, chcą pomóc pacjentom, ludzkości. Natomiast zawsze w każdej grupie zawodowej znajdzie się ktoś nieżyczliwy, kto będzie chciał wykorzystać te dane w niewłaściwy sposób bez względu na zawód czy wykonywaną profesję. Chcemy więc zminimalizować to ryzyko i dlatego analizujemy wszystkie dane jednocześnie.

 

K.G.: A jeśli mamy w rodzinie jakieś obciążenia, np. historię nowotworów czy jakiejś innej choroby, czy poważnych chorób kardiologicznych, to twoim zdaniem warto sprawdzić, czy mamy jakieś większe ryzyko takich chorób? 

 

P.D.: Zawsze warto dlatego, że w przypadku odpowiednio wcześnie wyłapanej choroby zawsze jest jakaś metoda, która umożliwia nam szybką reakcję, czyli zrobienie czegoś, żeby ta choroba się nie rozwinęła dalej. W takiej sytuacji zawsze polecam kontakt z lekarzem genetykiem, umówienie się na konsultację. Proszę pamiętać, że w tej chwili można to zrobić nawet online. Tak że umawiamy się z lekarzem genetykiem na konsultację dokładnie w tym celu, na przeanalizowanie naszej sytuacji. On wtedy rozrysuje nam drzewko rodziny, przeanalizuje wszystkich jego członków, zada nam odpowiednie pytania i będzie w stanie nam powiedzieć, jakie badanie w naszym wypadku będzie korzystne. Dobra informacja, że część z tych niewielkich badań, np. badania panelowe, czyli kilkudziesięciu, kilkuset albo wybranych genów, to są badania refundowane przez NFZ. Więc w momencie, kiedy lekarz genetyk będzie widział zasadność ich wykonania, może się okazać, że nie będziemy musieli za nie płacić.

 

K.G.: Ważna uwaga, bo teraz reklamuje się dużo firm, które badają genomy. W Radiu Naukowym profesor Ewa Bartnik była sceptyczna do części tych badań – zapraszam do odsłuchania tego odcinka z legendarną polską popularyzatorką genetyki. To, co mówisz, wydaje mi się kluczowe. Czyli nie, że najpierw szukam w internecie i ufam komuś, kto mi mówi, że wszystko mi opowie na podstawie moich genów, tylko pierwsze kroki kierujemy do lekarza genetyka i robimy te badania, które są realnie potrzebne. 

 

P.D.: Dokładnie. Tu jest jeszcze jeden powód, dlaczego nie robimy tego, zaczynając od internetu. Najpierw robimy jakieś badania genetyczne, a dopiero później idziemy z tym do lekarza, ponieważ może się okazać po pierwsze, że zrobimy zupełnie nie takie badania, jak trzeba. Po drugie może się okazać, że firma, której zaufaliśmy i wysłaliśmy swoją próbkę, nie jest do końca rzetelna i np. handluje danymi. Takie rzeczy się zdarzają, jest całkiem sporo firm w internecie, które oferują wykonanie sekwencjonowania całego genomu, nie kilku genów, za jakąś śmieszną kwotę typu osiemset złotych. Jeżeli płacimy tak niewiele, to musimy się spodziewać jakiegoś kruczka, ponieważ nie jest możliwe, żeby badanie całego genomu tyle kosztowało. Kruczek jest, tylko niewiele osób do niego dociera. W ogromnym i bardzo obszernym regulaminie, który się nam na koniec wyświetli, bo oczywiście wszystko dzieje się przez internet. Okazuje się, że takie firmy po prostu handlują naszymi danymi, czyli nasz genom powędruje właściwie nie wiadomo gdzie. 

 

K.G.: Czym to może grozić?

 

P.D.: Bardzo dużą liczbą nieciekawych sytuacji. Spekuluje się np. o hipotetycznej możliwości wykorzystania naszych danych przez firmy ubezpieczeniowe. Proszę sobie wyobrazić sytuację, w której np. chcemy się ubezpieczyć na życie. Jest tam często zawarta informacja o różnych chorobach, czyli o przypadku choroby nowotworowej albo jakiejś innej ciężkiej choroby. Nasz ubezpieczyciel będzie znał informacje z naszego genomu i może nam powiedzieć, że niestety nie. Albo tak, ale kwota ubezpieczenia będzie przewyższała nasze miesięczne możliwości finansowe. W tym momencie jeszcze obowiązuje na świecie memorandum i nie ma w tej chwili takiej możliwości, ale nie wiemy, jak długo. Nie wiemy, jak długo firmy ubezpieczeniowe nie będą mogły wykorzystywać takich informacji. A więc bardzo ważne jest, żeby dbać o bezpieczeństwo danych, żeby dokładnie sprawdzić, co dana firma zrobi z tymi naszymi danymi.

 

K.G.: Z tego, co mówisz, wydaje mi się, że jesteśmy u progu naprawdę dużych zmian – i medycznych, i takich świadomowościowych, prawnych, technologicznych. Najbliższa dekada to naprawdę będzie bardzo intensywny czas dla twojej branży.

 

P.D.: Mam nadzieję, że nastąpi to nawet szybciej. Nazywamy to rewolucją genomową i rzeczywiście, to już się dzieje. Myślę, że jedną z najbardziej dotkniętych genomiką dziedzin życia jest właśnie onkologia. To jest to miejsce, gdzie możemy najwięcej zdziałać i najbardziej pomóc – i systemowi opieki zdrowotnej, i samym pacjentom. Ale genomika wkrada się w nasze życie właściwie na każdym możliwym polu. Tak że mam nadzieję, że nastąpi to szybciej niż za dziesięć lat.

 

K.G.: A jedną z autorek tej rewolucji jest doktor Paula Dobosz, genetyczka z MNM Diagnostics, a także redaktor naczelna pisma „Genetyka. Fakty i mity”, które znajdziecie na stronie genetyka.bio – świetne miejsce do zaprzyjaźnienia się z genetyką, bo teksty są tam oznaczone hasłami „łatwe”, „średnie”, „trudne”. Warto, bo współcześnie naprawdę trzeba wiedzieć co nieco o genetyce. Paula, bardzo ci dziękuję za całą rozmowę, za cały projekt, bo myślę, że jest to naprawdę ważna rzecz. 

 

P.D.: Bardzo dziękuję. Ogromnie się cieszę, że mogłam wam o nim opowiedzieć.

 

I tak oto minął nam już cały odcinek z numerem pięćdziesiąt sześć. Dajcie znać w komentarzach, czy chcielibyście się dowiedzieć, co kryje wasz genom. Czy taka wiedza by wam pomogła, a może by was niepokoiła? Jestem bardzo, bardzo ciekawa waszych przemyśleń. Z kolei za tydzień w odcinku numer pięćdziesiąt siedem o superantybiotykach, jakie rozwija polska badaczka wraz z zespołem. Polecam i do usłyszenia.